معبد مهر که باید آن را در ردیف یکی از نخستین سکونتگاه‌ها و معابد بشر پیش از تاریخ محسوب کرد از تاریخ ناگفته مراغه حکایت دارد. این معبد در زیر یک گورستان تاریخی قرار داردو با خاک‌برداری، بخش‌هایی از آن، خود را نمایان کرده، اما همچنان بخش عمده‌ای ازآن در زیر خاک قرار دارد.
معبد “مهر” نیایشگاه زیرزمینی ومحل پرستش خورشید و برگزاری آیین مهرپرستی در جنوب روستای ورجوی مراغه به صورت زیرزمینی و صخره‌ای بنا شده‌است. پیروان آیین مهر، آن را با تراشیدن قطعه سنگی عظیم از جنس شیست با دهانه‌ای به عرض ۵/۴متر به وجود آورده‌اند.این بنا را از نظر حجم کار و دقت هنرمندانی که در امر حجاری آن دخیل بوده‌اند می‌توان جزء نمونه‌های ارزنده ستایشگاه‌های کهن دانست. با توجه به این که مشخصه معماری صخره‌ای تا دوران هخامنشی سطوح مسطح و راست گوشه بدون خطوط منحنی چه در درگاهها و چه در پوشش سقفها می‌باشد و در واقع این همان نکته‌ای است که ما را به پیشینه‌ی معبد مهرورجوی و به دوره‌ی اشکانی راهنمایی می‌نماید.این مجموعه باستانی شامل قبرستان، معبد و یک محوطه تاریخی می باشد.
مراغه شهری که روزگاری مرکز اسکان تمدن‌های بزرگ انسانی بوده و اکنون فراموش شده میراث داران ایشان است.برای آشنایی با تاریخ مراغه نمی‌توان از آثار بسیار کهن مهرابه های مراغه به سادگی گذشت. مهرابه‌ها نیایشگاه‌های مهرپرستان در دنیای باستان بوده‌است . مهرپرستی دینی ایرانی بوده که پرستش خورشید از اجزای اصلی آن به شمار می‌رفته‌است. دینی که از ایران در دوره‌ای نیز به اروپای غربی رخنه کرد.اما اکنون از مهرابه‌های کهن در این شهر تنها معبد مهرو معابد (غارهای ) اطراف رصدخانه مراغه به یادگار مانده‌است و بس . گرچه اکنون از معبد مهرجز نامی و نشانی دیگر چیزی باقی نمانده؛ اما کماکان نشان از تاریخچه بسیار غنی این سرزمین تاریخی دارد. مهر یا میترا خدایی بوده که پرستش او در غرب تا شمال انگلستان و در شرق تا هند، هزاران سال رواج داشته‌است و هنوز هم مورد احترام زرتشتیان است. پیروان مهر او را فرشته مهر و دوستی و عهد و پیمان و مظهر فروغ و روشنایی می‌پنداشته‌اند. آنها بر این عقیده بودند که مهر در غاری متولد شده‌است از این‌رو هر جا غاری می‌یافتند، در آن به پرستش و نیایش مهر می‌پرداختند و آن مکان را «مهرابه» می‌گفتند.
این معبد به عنوان یکی از کامل‌ترین پرستشگاه‌های تاریخی ایران، در دوره اسلامی یعنی زمانی که ایلخانیان بر ایران پارسی حکومت می‌کردند دستخوش تغییراتی شد تا نشانه‌هایی از اسلام اکنون بر تن این معبد به یادگار بماند و صدالبته این نشانه‌ها اکنون به دلیل اهمال مسوولان امر با تیشه و چکش غارتگران میراث ایرانی بیشتر آشنا هستند تا ضربه مرمت استادکاران آثار تاریخی برای حفظ این یادگار کهن ایرانی.
یافته‌های باستان‌شناسی وجود تمدن اوراتورها و ماد در آذربایجان بزرگ که مراغه جزیی لاینفک از آن است را به اثبات رسانیده و اینک «مهر» این معبد ناشناخته و پنهان مانده از انظار مردم و مسوولان که نخستین داده‌ها نشانگر پیش از تاریخ بودن این معبد می‌باشد، می‌تواند با بررسی‌های مجدد دیرینه شناختی و اتنومولوژی وجود تاریخ و شکل گیری نخستین تمدن‌های بشری در آتروپاتکان را هزاران سال به گذشته باز گرداند.
معبد مهر، گویا استوانه‌ای است که تاریخ در دورن آن دوران داشته و اکنون با زبان بی‌زبانی روایتگر نخستین سکونتگاه‌هایی است که در فلات ایران شکل گرفته‌اند. جای جای کلنگ‌هایی باقی مانده بر روی سنگ‌ها، محراب‌ها و امامزاده‌ای که به روایت تصاویر تا ۷۰سال پیش موجود بوده و اکنون به یمن جهالت به میراث پدری، از بین رفته‌است. آیات حکاکی شده قرآن بر روی سنگ و تنها کلمه ” الله ” که به حرمت قداستش از تخریب بازمانده، اکنون تاریخ را برایمان بازگو کرده و روایت ظلم و جوری را که بر آثار تاریخی مراغه سایه افکنده، با زبان بی زبانی روایت می‌کنند. آنها می‌خواهند فریاد بزنند که مغولان ساختند و شما ویران کردید!
در این میان میراث فرهنگی نیز در عملکردی ناشیانه در بخشی از این بنای سنگی؛ با سازه فلزی و آجر مرمت‌هایی را انجام داده که به همراه انباشت زباله‌ها هر بازدیدکننده‌ای را متأثر می‌سازد. غارتگران آثار فرهنگی نیز بیرحمانه، سنگ‌های تاریخی گورستان را کنده و به جای دیگری منتقل می‌کنند.
این معبد هم اکنون به دلیل ساخت و سازهای انجام گرفته در اطراف آن و نیز نفوذ آب‌های سطحی به داخل آن در حال تخریب است.
طبق تحقیقات و بررسی‌ها معلوم شده که در این معبد آرامگاه یکی از علمای بنام و با تقوی مراغه یعنی آخوند ملا معصوم مراغه‌ای قرار دارد که بعد از وفاتش در این معبد دفن شده‌است.
